Zoologie
Die zoologische Sammlung umfasst vor allem Vogel- und Insektenpräparate. Eine kleine Kollektion von Muschelschalen und Schneckenhäusern wurde in den Jahren 1910 bis 1930 zusammengetragen. Die Säuger-Sammlung beschränkt sich überwiegend auf die ausgestellten Tiere sowie einige in neuerer Zeit präparierter Kleinsäuger.
Die Vogelsammlung besteht aus aufgestellten Präparaten, vorzugsweise aus dem hiesigen Raum. Darunter sind einige Seltenheiten wie Noddiseeschwalbe und Sandflughuhn. Bemerkenswert ist die Eiersammlung, die von dem Flensburger Sonderpädagogen Paulus Paulsen (1849-1973) zusammengetragen wurde. Neben vielen Eigenfunden aus Schleswig-Holstein liegen in dieser Kollektion auch Objekte, die von anderen Sammlern und/oder außerhalb des Bundeslandes zusammengetragen wurden.
Unter den Insekten stechen die umfangreiche historische Schmetterlingssammlung von verschiedenen Heimatforschern (u. a. Emeis, Haan, Hansen, Paulsen und Schadewaldt) hervor. In neuerer Zeit konnten Schmetterlingssammlungen aus Dänemark (coll. Hendriksen und coll. Cardell) sowie aus Norddeutschland (coll. Brandt und coll. Con Schnering) übernommen werden.
Die Hautflügler- und Zweiflüglersammlungen gehen maßgeblich auf die Tätigkeit von Walther Emeis (1891-1973) zurück. Die Stechimmen wurden von Prof. Dr. Volker Haeseler (Oldenburg/O.) jüngst revidiert und neu aufgestellt.