Zoologisk samling
Den zoologiske samling har hovedfokus på fugle- og insektpræparater. Dyregrupper, der ikke er opført separat, er i øjeblikket kun repræsenteret med enkelte eller få eksemplarer i museets samling.
Insekter
Insektmagasinet består hovedsageligt af tørt materiale, der findes i omkring 900 insektkasser. Et hovedfokus er de omfattende historiske sommerfuglesamlinger fra forskellige regionale forskere. Også samlingerne af hymenopterer og fluer er bemærkelsesværdige. Samlingerne af andre insektordener, såsom biller, guldsmede og væggelus, er derimod af underordnet betydning. Men også i disse samlinger findes der mange værdifulde vidnesbyrd fra fortiden og forsvundne biotoper.
Muslinger og snegle
Den lille samling af muslingeskaller og sneglehuse blev hovedsageligt samlet i regionen i årene 1910 til 1930.
Fugle
Samlingen består af omkring 1.000 udstoppede eksemplarer, der hovedsageligt stammer fra regionen. Blandt dem findes nogle sjældenheder, for eksempel en noddis-svale, der blev skudt i 1912 ved Husum, og en sandhøne fra invasionsflyvningen i 1888.
Ægsamling
Grundlaget for vores uerstattelige ægssamling er samlingen fra den flensborgske lærer Paulus Paulsen (1849-1946), som indeholder mange sjældenheder. Særligt bemærkelsesværdigt er ægget fra en slangeørn, der i 1882 forsøgte at yngle i Handewitter Forst.
Ægsamlingen har ikke kun en høj naturvidenskabelig værdi, men har også betydning for naturhistorien.
Pattedyr
Pattedyrsamlingen er hovedsageligt begrænset til de udstillede dyr samt mindre pattedyr, der er præpareret i nyere tid.