Zoologische Sammlung
Der Schwerpunkt der zoologischen Sammlung liegt auf den Vogel- und Insektenpräparaten. Tiergruppen, die nicht gesondert aufgeführt werden, sind in der Museumssammlung momentan nur in einzelnen oder wenigen Exemplaren vertreten.
Insekten
Das Insektenmagazin besteht hauptsächlich aus Trockenmaterial, das sich in rund 900 Insektenkästen befindet. Ein Schwerpunkt sind die umfangreichen historischen Schmetterlingssammlungen verschiedener Regionalforscher. Bemerkenswert sind auch die Kollektionen der Hautflügler und Fliegen. Die Sammlungen anderer Insektenordnungen, wie beispielsweise Käfer, Libellen und Wanzen, sind dagegen von nachrangiger Bedeutung. Doch auch in diesen Sammlungen finden sich viele wertvolle Belege aus vergangenen Zeiten und verschwundenen Biotopen.
Muscheln und Schnecken
Die kleine Kollektion von Muschelschalen und Schneckenhäusern wurde vor allem in den Jahren 1910 bis 1930 regional zusammengetragen.
Eiersammlung
Die Basis unserer unersetzlichen Eiersammlung bildet die Kollektion des Flensburger Lehrers Paulus Paulsen (1849-1946), die viele Seltenheiten enthält. Besonders bemerkenswert ist das Ei eines Schlangenadlers, der im Jahr 1882 einen Brutversuch im Handewitter Forst unternahm.
Die Eiersammlung besitzt nicht nur einen hohen naturwissenschaftlichen Wert, sondern hat auch eine Bedeutung in der Geschichte der Naturkunde.
Säugetiere
Die Säuger-Sammlung beschränkt sich überwiegend auf die ausgestellten Tiere sowie in neuerer Zeit präparierter Kleinsäuger.
Vögel
Die Sammlung besteht aus rund 1.000 aufgestellten Präparaten, die vorwiegend aus der Region stammen. Darunter befinden sich einige Seltenheiten, beispielsweise eine Noddisseeschwalbe, die 1912 bei Husum geschossen wurde, und ein Sandflughuhn aus dem Invasionsflug von 1888.